Com o advento da biotecnologia, um mundo de possibilidades se abriu no estudo do parentesco entre espécies. Um exemplo da precisão de tais técnicas é a análise de DNA mitocondrial, que é passado integralmente da mãe para o filho. Como este DNA está confinado nas mitocôndrias do óvulo, ele não é alterado pelas processo reprodutivo, sendo portanto, uma testemunha intacta da linhagem do indivíduo.
Apesar de certas técnicas moleculares fornecerem informações geralmente mais precisas do que morfologia, é importante considerar que mesmo assim há a possibilidade da ocorrência de enganos. Isto é, não se pode eliminar a possibilidade de que haja aumento da similaridade genética entre indivíduos, simplesmente por algum acidente genético relacionado, por exemplo, a uma mutação.
Assim, o DNA funciona como um "relógio" que deve ser calibrado pelas outras ferramentas da filogenia (morfologia, registro fóssil, biogeografia).