Baseado no princípio de que parentes apresentam similaridades morfológicas (porque têm carga genética semelhante), assume-se que espécies mais aparentadas teriam mais características morfológicas em comum. Assim, a comparação de espécies através de suas características morfológicas é uma das primeiras ferramentas usadas para o estabelecimento da árvore filogenética.
É evidente que tal ferramenta tem suas limitações, haja visto a ocorrência de "sósias" na espécie humana. Os sósias surgem de um "acaso" genético: mesmo sem ser aparentados, dois indivíduos podem apresentar certos conjuntos genéticos em comum, o que pode lhes conferir características morfológicas similares. Uma outra possibilidade é o surgimento de similaridades devido a pressão seletiva operando em estruturas que têm características semelhantes: por exemplo, o aparelho bucal de uma borboleta e o bico de um beija-flor são razoavelmente parecidos. Esta similaridade não se originou de parentesco, mas da pressão seletiva sobre uma estrutura com função semelhante, isto é, para ser capaz de coletar néctar eficientemente, o bico do beija-flor e a proboscis da borboleta devem ter formatos semelhantes. Assim, houve uma "convergência evolutiva" ou "evolução paralela" destas duas estruturas. Os sistematas chamam de homoplasias àquelas similaridades que foram originadas à partir da evolução paralela de estruturas, e de homologias àquelas similaridades originadas de parentesco. Evidentemente, somente homologias são úteis para estudos de filogenia.